대전보건대학교박물관은 1992년 3월 1일 박물관 규정을 제정하고, 1992년 5월 14일 학칙에 의하여 설립이 인가되면서 부속박물관으로 설립되었다. 초창기의 직제는 관장·학예과장·관리과장·학예연구원의 체제로 구성하였으나 이후 학예과장과 학예연구사로 하여금 관리업무를 겸임케 하였다.

설립 초기에는 학예연구실을 중심으로 대전지역 역사유적에 대한 간단한 지표조사를 실시하였다. 즉 대전시 동구 주산동 고분군의 지표조사를 시작으로 하여 1993년 9월1일부터 1994년 1월 11일까지 경상북도 청도군 운문댐 수몰지역내에 분포한 삼국시대의 고분군을 발굴조사하였다. 1994년 11월 본관 공사가 완공되면서 1995년 3월 본관 3층에 관장실·학예연구실·수장고·자료정리실·전시실을 갖추게 되었다. 전시공간이 넓어지면서 충남 보령시 관창리 선사유적지, 대전 송촌동 문화유적, 청양 관현리 기와 가마터 조사 등 지속적 자료수집으로 이어지게 되었고, 교직원들은 의료기기, 교지, 학보, 민속자료 등을 기증하였으며 관리과에서는 개교 당시의 사무집기 등의 자료를 기증하여 역사자료와 학교사자료를 함께 보유하게 되었다.

1998년 10월 18일 전시실을 공개한 이후 10여년간은 자료수집과 전시활동이 중심이 되면서 한편으로는 간단한 지표조사와 함께 숭현서원지 발굴조사보고서(2002), 보령 관창리유적 발굴조사 보고서(2002), 대전 송촌동유적 발굴조사보고서(2002) 등 조사보고서발간에 진력하였다. 1998년 10월 16일에 한국대학박물관협회 회원교로 가입하였고 2001년 1월 26일 문화관광부 제1종 박물관(전문박물관)으로 등록하였다. 2007년 8월에는 대전광역시박물관협의회 회원관으로 가입하였다.